该区域野生动物种群数量稳步扩容，千只以上岩羊种群、两百只左右的白唇鹿、马鹿种群稳定栖息，马麝、豺等珍稀物种重现山林，凤头蜂鹰等国家二级保护动物刷新区域物种记录。据统计，目前，祁连山雪豹种群数量稳定在350至500只，岩羊、豺等关键伴生物种数量较2014年增长15%至20%，区域生物链、生态链持续修复，生态系统完整性、稳定性显著提升。
近年来，祁连山管护中心系统归集整理市县各类资料100余份，制作保存植物标本5000余份乐鱼官网，梳理录入生态监测数据2万余个，构建起详实完备的区域生态资源数据库乐鱼官网，为科学保护、精准治理提供坚实数据支撑。同时积极争取实施信息化巡护监测等重点项目，以数字化、智能化手段赋能生态治理，全面提升保护区综合管护能力。
祁连山管护中心还常态化开展森林抚育、植被恢复、资源保护等工作，有效保护森林面积52.46万公顷，实现森林面积、林木蓄积量持续稳步增长。统筹联动地方政府一体推进山水林田湖草沙一体化保护和系统治理，对退化林地、受损生态区域开展高标准综合治理，推动区域生态系统逐步恢复自我调节能力，实现良性循环、持续向好。
同时，全面升级智能化管护装备，全区部署无人机50余架、建成标准化无人机库3座，并普及PDA野外巡护终端，推动传统巡护向“人防+技防、线上+线下、常态+精准”的智慧管护模式跨越。探索运用基于“祁连一号”卫星应用体系，建设了祁连山保护区卫星可视化监测服务平台，依托多源卫星遥感数据，对保护区地表变化、森林草原火情、林业资源等进行宏观监测。
据中国科学院生态环境研究中心监测评估，该保护区生态环境优良区域较2017年提升37.5%，植被指数、植被覆盖度、植被生产力分别增长10.9%、7.8%、14.8%，野生动物种群数量较2014年提升约20%。2022年，祁连山国家级自然保护区成功斩获“绿色亚太环保成就奖”，生态保护成效获得国家认可、国际瞩目。
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